Der Ursprung dieser Bewegung liegt bei dem Bibellesekreis um den Reformatoren Ulrich Zwingli in Zürich seit 1523. Einige seiner getreuen Gefolgsleute (Konrad Grebel, Felix Manz, Georg Blaurock) trennten sich von ihm, als sie durch das Bibelstudium die Glaubenstaufe als die wahre biblische Taufe erkannten.

Dazu kam durch das Ernstnehmen der Bergpredigt (Matthäus 5-7) die Ablehunung des religiösen Eides, des Kriegdienstes, der Verbindung von Staat und Kirche, sowie auch die schlichte Feier des Abendmahles als Gedächtnis- und Gemeinschaftsmahl, auch ausserhalb des Kirchenraumes, die Gemeindezucht nach Matthäus 18, die Wahl eigener, auch Laienprediger, vor allem aber die persönliche Nachfolge in einem ernsthaft christlichen Leben bis hin zum Leiden für Christus und zum Martyrium.

Der Mittelpunkt war die Gemeinde der Gläubigen, die nach diesem urchristlichen Ideal ihres Glaubens leben wollten. Das Ziel war die Wiederherstellung der urchristlichen Gemeinde, nicht nur Reformation der bestehenden Kirchen.

Diese erste evangelische Freikirche, die als Erweckungsbewegung begonnen hat, diente später vielen anderen Freikirchen als Beispiel. Sie wirkte so revolutionär, dass die Staaten und Kirchen (katholische wie evangelische) alle diese Ansätze aus Furcht vor einem Umsturz mit Feuer und Schwert auszurotten versuchten.

Etwa 3000 Männer und Frauen fanden wegen ihren Überzeugungen den Tod, die meisten nach schweren Verhören und Folterungen. Viele sind ohne Gerichtsurteil getötet worden. Die Überlebenden retteten sich nach Mähren (später Ungarn) und nach Westpreussen.

In späteren Jahrhunderten sind Mennoniten durch weltweite Wanderungen nach Russland, Nord- und Südamerika gekommen und haben sich durch die Äussere Mission nach Afrika, Asien und Mittelamerika und Australien ausgebreitet.